W 1983 r. ukończył studia na wydziale prawa Uniwersytetu w Zurychu. Był delegatem Międzynarodowego Komitetu Czerwonego Krzyża, pracował jako prawnik w kancelarii adwokackiej, a następnie w szwajcarskim Departamencie Spraw Zagranicznych. Po krótkiej misji dyplomatycznej w I Wydziale Politycznym, objął tymczasowe stanowisko w Rabacie, a następnie został oddelegowany na placówkę w Lagosie. W maju 1992 roku został przeniesiony do Moskwy, a w 1994 r. do Teheranu, gdzie objął stanowisko zastępcy ambasadora. Pod koniec 1997 objął taką samą funkcję w ambasadzie w Taszkencie. Na początku 1999 r. wrócił do Berna i z ramienia II Wydziału Politycznego został wysłany na projekt pokojowy do Afganistanu. Po powrocie na krótko związał się z Departamentem Obrony i Sportu. W połowie 2001 r. wrócił do Departamentu Spraw Zagranicznych i objął stanowisko chargé d’affaires a.i. w Skopje. We wrześniu 2001 r. został wysłany jako zastępca szefa misji do Nairobi, w kwietniu 2004 objął tę samą funkcję w Tel-Awiwie. Od września 2007 r. Andrej Motyl był ambasadorem w Chartumie, a od sierpnia 2011 r. – ambasadorem w Hanoi. Od sierpnia 2015 roku Andrej Motyl pełni fukcję ambasadora Szwajcarii w Polsce.